泼尼松龙醋酸酯常用于犬类疾病治疗，然其亦伴有诸多副作用。

就生理层面而言，易引发内分泌紊乱。长期使用此药，犬之肾上腺皮质功能或受抑制，致使内源性激素分泌减少。一旦骤然停药，机体难以及时适应，或现肾上腺皮质功能减退之症，诸如精神萎靡、食欲不振、体重下降等。同时，该药对糖代谢影响显著，可使血糖升高，提升犬患糖尿病之风险。

从消化系统来看，泼尼松龙醋酸酯会刺激犬之胃肠道。常见副作用为引发呕吐、腹泻等症状，严重时甚至导致胃肠道溃疡与出血。因其削弱胃肠道黏膜之保护机制，胃酸与胃蛋白酶更易损伤胃肠道黏膜。

在免疫系统方面，虽该药具免疫抑制作用，可助控制犬之免疫相关疾病，却也降低犬之抵抗力。致使犬更易遭受细菌、病毒与真菌等病原体侵袭，增加感染几率，且感染后病情或更为严重，治疗难度亦随之加大。

此外，该药还可能影响犬之肌肉骨骼系统。长期使用或致肌肉萎缩，犬之肢体力量减弱，运动能力下降。同时，影响钙吸收与骨代谢，提升骨质疏松风险，尤其对幼犬，或影响骨骼正常发育。